冷卻塔循環冷卻水處理就是防止結垢和腐蝕，以及微生物粘泥的形成。通常是由一定的配方藥劑，在循環水系統的換熱器的管壁表面上形成一層極薄的而不影響換熱效果的保護膜。要使這層保護膜均勻、致密和完整，必須要求管壁表面清潔，無銹垢物沉積在上面，這樣才能使水處理劑擴散到金屬表面而形成一層保護膜。為此，需要進行循環冷卻水處理的化學清洗。特別是對一些老系統，更需要進行化學清洗。

對于銹垢并不嚴重的循環水系統，可以整個系統一起清洗。常用的化學清洗劑有B407清洗劑、SWC-1清洗劑及SWC-2清洗劑。

對于銹垢嚴重的換熱器，用上述方法是達不到預定的效果的，必須進行單塔的化學清洗、酸洗、堿洗，然后再作鈍化處理。效果較好的配方是SHC-1配方和NL-5配方。

當系統的化學清洗結束后，進行預膜處理。循環冷卻水的預膜處理(或稱基礎處理)是很重要的一步，預膜處理的成功，很大程度上取決于化學清洗的效果。主要的預膜劑有B807劑、TS-102預膜劑及SW預膜劑。