凈化空調系統風量比普通空調系統大，因此應根據建筑空間布置等情況合理劃分，使風道斷面和輸送長度不致過大。此外，還應根據以下原則考慮系統的劃分:

    1)單向流系統與非單向流宜分開。這是從凈化等級差別造成的空氣處理與控制方式的不同而考慮的。

    2)三級過濾凈化系統與一般空調系統(或兩級過濾凈化系統)應分開設置。

    3) 溫度、濕度精度差別大的系統要分開設置。

    4)運行班次、運行規律不同的系統要分開設置。

    5)新風比不同的系統應分開設置。

6)產生有毒、有害、易燃、易爆物的系統，與一般系統要分開設置。