水路運輸的優點是行駛平穩，由振動引起的損傷少、運量大、運費低廉。它作為果蔬產品在集散地的短途駁運效果很好，但水路運輸限制在水網地帶及沿海，而且，在我國內河水路運輸的中轉環節較多，等待時間長，運輸速度慢，影響果蔬產品的質量。海上運輸在國外發展很快，許多島國海上運輸是其主要形式，多以外置式冷藏集裝箱及冷藏船為運輸工具。尤其是大型船舶的動力、能源供應充足，這為果蔬運輸中的迅速預冷及精確控制運輸溫度提供了便利條件。因此，運輸質量很高，果蔬的國際貿易，主要是靠海上冷藏運輸。目前，我國也正在大力發展海上運輸。