螺桿式制冷壓縮機在壓縮氣體時要噴入大量的冷凍機油，所以螺桿式機組中的輔機要比其他類型的壓縮機多，冷凍機油的分離和冷卻對機組的正常運行至關重要。

螺桿式制冷壓縮機的排氣溫度一般為80~1000，比往復式的要低，所以油分離效果較好。為了提高分離效果，大中型開啟式機器通常在一級油分離器后，再增設二級油分離器，一級油分離器常采用慣性、洗滌、離心、填料或過濾等方法。二級油分離器采用特別的填充物，如不銹鋼絲網、玻璃纖維、聚酯纖維或陶瓷等，分離效果非常好。氣流速度一般在1~6 m/s之間。    

對于半封閉螺桿式制冷壓縮機，在排氣端設里有四周為螺線形通路的多孔油缸，當高溫高壓油氣混合物排入多孔液壓缸的油分離器10時，油被甩向液壓缸壁，并在壁面上聚集，經過壁上的孔流到液壓缸外壁面，然后流向機體的底部儲油槽，制冷劑氣體則進入冷凝器。

對于小型的全封閉螺桿式制冷壓縮機，油分離器內里在壓縮機上，排出的高壓油氣混合物通過電動機時進行了分離，然后氣體通過擋油板進入排氣管。

被分離出來的油，溫度接近排氣溫度，大中型螺桿式制冷壓縮機必定設置油冷卻器，以降低油溫，使油具有合理的黏度，便于循環使用。噴入螺桿式制冷壓縮機的油溫推薦值:采用氨作制冷劑的機器為25~55℃;采用氟利昂作制冷劑的機器為25~45℃。油冷卻器有兩種類型:一種是水冷卻型，需要提供冷卻水，實現油的冷卻;另一種是制冷劑冷卻型，用一定量的制冷劑節流后供入冷卻器，制冷劑受熱汽化后被壓縮機吸走，油得以冷卻。

對于封閉式機器，往往采用耐高溫的冷凍機油，加上系統采用噴液冷卻，一般可省去油冷卻器。