磁化水除垢是使冷卻水流過磁水器來除去水垢的方法。磁水器是兩面為法蘭接頭的圓簡容器，內部有磁塊與鐵芯，可形成磁場。磁化器一般安裝在冷凝器前面，當水流過磁化器以后，磁場使硬水中的金屬離子變形，破壞或者削弱其相互間的作用，從而使水垢不能結成，碳酸鈣的結品變成酥松、脆弱的粉末渣狀。這種渣狀物很容易從冷卻水管內排出，殘留的少最渣滓也不會形成水垢。磁化處理水的效果同磁場強度、冷卻水水質及流速、磁場方向交變次數等有關，因此，磁化器應根據水質進行設計，否則效果得不到保證。

水質穩定劑處理法

在冷卻水中添加水質穩定劑，投資少、效果好，采用這種方法較為普遍。水質穩定劑要對腐蝕、水垢及藻類和微生物繁殖抑制性好，無反作用，同時要使用簡單且便宜。

目前水質穩定劑主要有偏磷酸鹽，磷酸鹽等。冷卻水在傳熱管內結垢，其實際是碳酸鈣形成的過程。這些藥劑能使碳酸鈣扭曲、錯位，從而干擾和抑制碳酸鈣品體的形成，而只能形成畸形的碳酸鹽微粒，有效地防止了水垢的產生。