制冷系統可來用集中式與分散式兩種。集中式供冷就是把制冷裝置的主要機器設備安裝于特定的機房內，設氣、液調節站，用供液、回氣管道把各庫房的冷卻設備連接起來。分散式供冷是把制冷壓縮機、冷凝器以及必要的附屬設備在制造廠組裝起來，成為一套緊湊、高效、具有全自動性能的制冷機組。

考慮到氣調庫適應儲藏不同品種和不同產地果蔬的儲藏需要，每間氣調間的溫度經常要求控制在不同點，若設定多個溫度且各溫度間溫差較大，使用集中式供冷就會帶來控制困難的問題。