冷庫的庫房是進行食品冷加工和長期存放食品的地方，庫房的衛生管理工作是整個冷庫衛生管理的中心環節。在冷庫的庫房內，霉菌比細菌繁殖得更快些，并極易侵害食品。因此，在冷庫庫房的內墻水泥墻壁和頂棚上應盡量粉刷抗霉劑，并盡可能進行不定期的消毒工作。庫房運貨用的手推車以及其他載貨設備也能成為微生物污染食品的媒介，因為這些設備表面常常殘留著食品等有機物質，如果不注意衛生工作，就很容易為微生物的生長繁殖創造條件。在堆放食品的墊木、托板或地板上，每平方厘米有10萬個甚至100萬個微生物時，即說明已經大量污染。因此,冷庫的運輸工具和設備必須隨時隨地保持清潔衛生。庫內冷藏的食品，不論是否有包裝，都要堆放在墊木上。墊木應刨光，并經常保持清潔。墊木、小推車及其他設備，要定期在庫外沖洗、消毒、曬干。清洗時可先用熱水沖洗，并用質量分數29%的堿水(50℃)除油污，然后用含有效氯0.3%~0.4%(質量分數)的漂白粉溶液消毒。產品加工用的一切設備，如鐵盤、掛鉤、塑料桶及工作臺等，在使用前后都應用清水沖洗干凈，必要時還應用熱堿水消毒。冷庫內使用的掛鉤要考慮鍍鋅處理，以免生銹污染食品。

冷庫內的走道和樓梯要經常清掃，特別在出人庫時，對地坪上的碎肉等殘留物要及時清掃，以免踩實后不易清理。